กระทรวงมหาดไทยได้ประกาศจัดตั้งสำนักงานที่ดินจังหวัดยะลา มีหน้าที่ดำเนินการตามประมวลกฎหมายที่ดิน พ.ศ. 2497 เมื่อวันที่ 6 ตุลาคม 2499 โดยเช่าอาคารแถวสองชั้นของเอกชน ที่ถนน ธนวิถี ตำบลสะเตง อำเภอเมืองยะลา จังหวัดยะลา และครั้งที่ 2 เช่าที่ ถนนคชเสนีย์ ตำบลสะเตง อำเภอเมืองยะลา จังหวัดยะลา

ต่อมา ในปี 2506 กรมที่ดินได้ขอใช้ที่ราชพัสดุ บริเวณวงเวียนศาลเจ้าพ่อหลักเมืองยะลา ด้านทิศตะวันตก สำหรับก่อสร้างอาคารสำนักงานที่ดินจังหวัดยะลา แต่กระทรวงยุติธรรมซึ่งได้รับงบประมาณในกากรก่อสร้างอาคารศาลจังหวัดยะลาหลังใหม่ ได้ขอแลกเปลี่ยนการใช้ที่ดินบริเวณที่จะสร้างสำนักงานที่ดินจังหวัดยะลาไปสร้างศาลจังหวัดยะลาหลังใหม่ และขอให้กรมที่ดินดัดแปลงซ่อมแซมอาคารศาลจังหวัดยะลาหลังเก่าที่ยังอยู่ในสภาพแข็งแรงใช้เป็นสำนักงานที่ดินจังหวัดยะลา แทน ซึ่งเปิดดำเนินการตั้งแต่ พ.ศ. 2511 เป็นต้นมา

ปัจจุบันได้ก่อสร้างอาคารที่ทำกากรหลังใหม่ด้านหลังอาคารที่ทำการเดิม เริ่มปฏิบัติงานในอาคารหลังนี้เมื่อวันที่ 20 ตุลาคม 2548